I Kungliga nationalstadsparken finns flera våtmarksområden, både naturliga och anlagda. De flesta av dessa har tidigare varit havsvikar som genom landhöjningen har avsnörts och grundats upp.
En våtmark är ett område där vattennivån oftast ligger i marknivån, strax ovanför eller under markytan. Det finns många olika typer av våtmarker, de kan vara både trädbeväxta eller helt öppna, naturliga eller anlagda. I en något vidare bemärkelse kan även småvatten, dammar och grundare sjöar räknas till våtmarker. Våtmarker är viktiga livsmiljöer för många växt- och djurarter, exempelvis för många insekter och andra ryggradslösa djur. Våtmarker anläggs oftast för att gynna djurlivet eller för att fungera som filter genom att fånga upp både kväve och fosfor och därmed minska övergödningen av våra hav. Genom medveten restaurering och skötsel av parkens våtmarker har många arter tillkommit, till exempel tofsvipan.
Våtmarkerna kan också delas upp i kärr, som till största delen försörjs av vatten från den kringliggande fastmarken och myr som är en torvbildande våtmark där de döda växterna inte förmultnar fullständigt, utan blir kvar på växtplatsen i form av torv tack vare de syrefria förhållandena som råder. En myr kan bildas direkt på fast mark eller genom att en sjö växer igen. Ett fint exempel på ett trädbevuxet kärr är Ugglevikskärret, en tidigare vik av Östersjön. Området var först vassdominerat men har successivt övergått till att bli ett alkärr med många intressanta växter och djur. I stort sett alla myrmarker har dock försvunnit, i dag återstår endast få fragment.
Ibland kan våtmarker uppstå av en slump, som när Lappkärret bildades genom att uppdämningar omedvetet skapades när bostäder byggdes i närheten. Nu är Lappkärret en mindre sjö med rikt fågelliv.
