Kungliga nationalstadsparken har en lång och varierad kuststräcka. Längs vissa sträckor är kusten stadspräglad och består av stenlagda kajer, till exempel kring Skeppsholmen, Kastellholmen och västra delen av Södra Djurgården. På vissa andra kustavsnitt möter Saltsjön en brant och klippig landmiljö, såsom vid Stora Lappkärrsberget och vid Tivoli i norra Brunnsviken. Låglänta områden med grunda stenstränder är vanliga. Längs dessa stränder förekommer på flera platser en hel del vass. Vid Sörentorp längst i norr finns en sträcka av obruten strandskog. Strandområdena representerar innerskärgårdens flora och fauna och bidrar till Nationalstadsparkens artrikedom.
Öarna i Nationalstadsparken är inte fler än att man kan räkna upp dem alla. Från söder till norr är det: Skeppsholmen, Kastellholmen, Beckholmen, Södra Djurgården, ögruppen Fjäderholmarna (med Stora Fjäderholmen, Libertas och Rövarns holme), Bockholmen utanför Stocksundstorp i Bergshamra samt Kaninholmen utanför Ulriksdals Slott. Var och en har sin speciella karaktär.
Området med Skeppsholmen, Kastellholmen, Beckholmen och västra delen av Södra Djurgården kallas i ibland för ”Sjögården” och utmärks av sin maritima tradition med bland annat Vasamuseet och varvsverksamheten på Beckholmen.
Fjäderholmarna är kanske det enda stället med skärgårdskänsla och har också en helt annan skärgårdsanknuten historia än övriga Nationalstadsparken. Fågellivet på Fjäderholmarna är intressant med ett oväntat stort antal arter. Här kan nämnas över 100 par av den numera starkt minskande silltruten. Bockholmen och Kaninholmen är ganska anonyma öar, trots att det i dag finns en populär sjökrog på den först nämnda ön. Kaninholmen var betydligt mer känd under mitten av 1800-talet när Karl XV firade midsommar här.
