”Fierholmarna”, som namnet skrevs på 1600-talet, betyder holmarna i fjärden. Den centrala ögruppen där flera skärgårdsfjärdar möts blev tidigt en känd mötesplats för skärgårdsfiskarna på väg in med sina fångster till Stockholm. Åtminstone från 1600-talets slut fanns där en uppskattad sjökrog. Värdshusrörelsen för ”burget folk” expanderade starkt under 1800-talet medan sjökrogens kundunderlag minskade sedan skärgårdsångbåtarna tog över frakten av färsk fisk till staden. På 1880-talet uppfördes på den största ön en känd sommarrestaurang, Grand Restaurant Bellevue som nedlades först sommaren 1940.
Vid 1800-talets mitt och några decennier framöver användes några av öarna till avstjälpningsplats för stadens latrin som med stora pråmar bogserades hit ut. I slutet av 1800-talet och fram till 1917 fanns på ön Ängsholmen en karantänsstation.
Under andra världskriget blev fortifikationsförvaltningen och marinen dominerande på Fjäderholmarna och ögruppen belades med landstigningsförbud. Ammunitions- och minförråd sprängdes in i bergen och dit förlades även en avmagnetiseringsstation. Med denna avmagnetiserades flottans fartygsskrov så att de inte skulle utlösa minfält som under krigsåren var utlagda i Östersjön. Stationen är numera flyttad till Mysingen i Stockholms skärgård.
På den nordligaste holmen står sedan 1931 Libertas fyr, en av landets sista AGA-fyrar som drivs med acetylengas enligt uppfinnaren, Nobelpristagaren Gustaf Daléns berömda konstruktion.
